В 1939 году В.Ф. Бурханов получает назначение на должность начальника тыла, помощника командующего Тихоокеанским флотом по тылу.

Это были годы интенсивного строительства флота. В строй входили новые корабли. Требовались новые ремонтные заводы, порты, аэродромы, батареи и многое другое, без чего флот – не флот. И все эти проблемы ложились на плечи помощника командующего.

После начала Великой Отечественной войны Тихоокеанский флот формально не воевал, но фактически постоянно оставался в напряжении. Япония могла в любой момент напасть. Командование держало флот в постоянной боевой готовности, хотя войны до августа 1945 года не было.

В должности начальника тыла В.Ф. Бурханов прослужил до мая 1945 года.

18 апреля 1943 года ему было присвоено воинское звание инженер-контр-адмирал.

С мая 1945 года по февраль 1946 года В.Ф. Бурханов начальник тыла Амурской военной флотилии. Участвовал в войне с милитаристской Японией.

В 1946—1947 годах В.Ф. Бурханов начальник тыла Юго-Балтийского флота.