После окончания работ по оформлению результатов экспедиции Николай Иванович Евгенов сначала участвовал в строительстве береговой батареи на мысе Церль, а затем получил назначение в действовавший на Балтийском море отряд миноносцев.

Служил в должности старшего штурмана на миноносце «Орфей» — за удачные боевые действия при установке минных заграждений Евгенов получил два боевых ордена. И на «Орфее», несмотря на военную обстановку, он не упускал случая проводить научные океанографические наблюдения.

Затем на миноносце «Капитан Изыльметьев» принимал участие в Моонзундском сражении.

В начале 1918 г. демобилизовался, уехал на Дальний Восток, а затем в США. Он поступил делопроизводителем в посольство Временного правительства (сентябрь 1918 г.) в Вашингтоне. Во время пребывания там вступил в члены Американского Географического общества, познакомился с рядом американских известных полярных деятелей: Грили, В. Стефансон и др.

Летом 1919 г. распоряжением Правительства был направлен в Сибирь. По прибытии в августе 1919 г. в Омск был назначен и.о. начальника Геодезического отделения Гидрографического управления Военно-морского ведомства Сибирского правительства. Осенью того же года был эвакуирован из Омска в Иркутск, где в январе 1920 г. был арестован властями Народного революционного правительства, но через месяц освобождён «за отсутствием состава преступления».