Важным, но негласным моментом «разгрузки» ГУСМП был «увод» разведки и добычи цветных и редких металлов в ведение Дальстроя. Интересы этих гигантских организаций не могли не столкнуться в Арктике в связи с активным ростом Дальстроя. Исследователи усматривают в политических репрессиях 1937–1939 гг. в системе ГУСМП отголоски межведомственной войны – попытке Дальстроя, используя механизмы репрессий, оттеснить Главсевморпуть от эксплуатации недр Якутии и Чукотки.

После ареста и расстрела директора Всесоюзного Арктического института геолога Р.Л. Самойловича, вектор деятельности института (в котором геологическое направление было очень сильным) был коренным образом изменен в сторону изучения гидрометеорологических условий по трассе СМП. Помимо Р.Л. Самойловича опале подверглись другие геологи института – М.М. Ермолаев, Н.Н. Урванцев, С.В. Обручев, Б.Н. Артемьев, Б.Н. Рожков и др. В период 1938–1939 гг. между ГУСМП и Дальстроем произошел негласный «раздел» сфер влияния – за ГУСМП оставалось транспортное развитие СМП, развитие портов, геологические исследования с целью поиска и формирования топливных баз. Дальстрой занимался геологической разведкой и добычей ценных и редких металлов.

В связи с сокращением круга деятельности происходили изменения в структуре аппарата ГУСМП. В непосредственном ведении оставались: морские пароходства, конторы и порты, речные пароходства, полярные станции и другие предприятия, имевшие непосредственное отношение к освоению СМП. Были определены основные направления работы ГУСМП: организация плаваний в период навигации; капитальное строительство с целью создания материально-технической базы для эксплуатации СМП; геолого-разведочные работы для создания собственных угольных баз, научно-исследовательские и гидрографические работы.