Тем не менее в целом работа ГУСМП не была нарушена. Более того, помимо транспортных операций по трассе СМП у ледоколов ГУСМП появилась важнейшая стратегическая задача – обеспечивать проводки судов с грузами, поставлявшимися по ленд-лизу в Архангельск и дальневосточные порты. Под проводкой ГУСМП в эти порты за период 1942–1945 гг. прибыло 815 судов с грузом 2,3 млн т.
Немецкое командование после разгрома конвоя PQ-17 летом 1942 г. и временной приостановки морских поставок по ленд-лизу в Архангельск и Мурманск приняло решение нарушить коммуникации по трассе Северного морского пути. Это были проактивные действия, направленные на то, чтобы не допустить переориентации потока ленд-лиза на трассу СМП с востока на запад. Частично эта задача была решена путем развертывания подводной войны в Карском море и проведением разовой операции с участием тяжелого крейсера «Адмирал Шеер». Свидетельством эффективности действий противника была вынужденная массовая зимовка судов на Диксоне в 1942–1943 гг. из-за опасения их потери в ходе перегона на запад. В соответствии с решением Правительства, которое было получено в штабе на Диксоне телеграммой за подписью и.о. начальника ГУСМП А.Е. Каминова и зам. начальника ГУСМП М.П. Белоусова, на зимовку было оставлено 15 транспортных судов в Диксоне и одно в Игарке: ледокольные пароходы «Г.Седов», «Монкальм» и «Таймыр», пароходы «Петровский», «Беломорканал», «Игарка», «Моссовет», «Селенга», «Кама», «Лахта», «Спартак», «Иртыш», теплоход «Андреев», гидрографические суда «Циркуль» и «Мурманец», причем последние два были оставлены в Диксоне на плановую зимовку. Кроме того, в Игарке зимовал п/х «Сура». Это была вторая массовая зимовка судов в Арктике после 1937 г. На этот раз она была связана со сковывающими действиями противника в Баренцевом и Карском морях.
Поставки грузов с востока в Мурманск и Архангельск практически не производились, хотя полного блокирования трассы не произошло. Ледоколы, отработав сезон в Арктике, возвращались в Архангельск и в зимний период обслуживали проводку союзных конвоев в замерзающем Белом море, затем снова выводились в Арктику.
С 1943 г. снабжение практически всех пунктов в Арктике, в т.ч. в Западном секторе, было переориентировано и велось с востока. Снабжение Якутии было почти полностью переориентировано на завоз импортных грузов через СМП.
Действия тяжелого крейсера «Адмирал Шеер» в 1942 г. и активные действия подводных лодок в 1942–1944 г. в Карском море привели к существенным потерям. Общее число жертв – порядка 1 тысячи человек и целый ряд судов и кораблей.
